با پیگیری‌های اداره کل فراهم‌آوری سازمان اسناد و کتابخانه‌ی ملی ایران و هماهنگی با خانواده‌ی دکتر بهشتی، کتابخانه‌ی شخصی ایشان به کتابخانه‌ی ملی ایران منتقل شد. کتابخانه‌ی شهید بهشتی شامل 2 هزار و 584 نسخه‌ی کتاب فارسی و عربی، 315 نسخه کتاب لاتین و 115 منبع غیر کتابی چون نشریه و غیره است. در میان مجموعه‌ی اهدایی، تعداد 56 نسخه کتاب نفیس چاپ سنگی بازیابی شد و این منابع نفیس در مخازن اهدای سازمان به صورت مجزا نگهداری می‌شود. هم‌چنین 22 نسخه کتاب از میان این منابع اهدایی با دست خط شهید «آیت‌الله بهشتی» یادداشت‌نویسی و حاشیه‌نویسی شده است و این مجموعه به صورت مجزا و به عنوان مجموعه‌ای ویژه در سازمان اسناد و کتابخانه‌ی ملی ایران نگهداری می‌شود.

«فرناز محمدی»؛ معاون اداره کل فراهم‌آوری سازمان اسناد و کتابخانه‌ی ملی ایران اعلام کرد که این سازمان آمادگی دارد مجموعه‌های منابع و کتابخانه‌های شخصی افراد نامی، نخبگان و غیره را برای نگهداری دائمی دریافت کند.